A origem do nome Perafita vem do latim Petra ficta (Pedra fixa), quer pelas pedras que delimitavam a propriedade ou por algum menir ou anta pré-histórica desta região. Perafita tem, por isso, uma história marcada pela antiguidade do seu povoamento. São vários os vestígios arqueológicos encontrados.

Da mesma forma, a instituição paroquial é muito antiga. Já aparecem referências ao orago S. Mamede na primeira metade do século XI, e a crença popular no santo poderá mesmo ser anterior. Nesta altura, grande parte do território da atual freguesia encontrava-se sujeita ao Mosteiro de Moreira e integrada nas Terras da Maia.

No século XIX, mais concretamente em 1832, Perafita foi palco do desembarque de D. Pedro e seus fiéis, decididos a combater D. Miguel e o absolutismo em Portugal. O Obelisco da Memória, situado na Praia da Memória, em Pampelido, relembra esses momentos que a história registou, erradamente, como os “Bravos do Mindelo”.

A reforma administrativa de 6 de novembro de 1836, retirou Perafita, na altura constituída por 160 fogos, da administração de Leça do Balio e anexou-a ao concelho de Bouças (atual Matosinhos).

No século XX, uma série de empreendimentos possibilitou o crescimento económico e urbanístico de Perafita. Mesmo não localizados totalmente na área de freguesia, o porto de Leixões, o Aeroporto Internacional Francisco Sá Carneiro ou a Petrogal condicionaram fortemente a sua evolução.

O desenvolvimento da zona de Perafita, a que atrás se aludiu, foi uma consequência óbvia dessas novas infraestruturas. Atualmente, o lugar do Freixieiro – fértil em fábricas e espaços para comércio e serviços – é bem o retrato de uma parte da freguesia, visto que a outra parte tem na orla marítima um representante bem mais calmo e, por vezes, rural.

A 28 de Janeiro de 2005 Perafita foi elevada à categoria de vila, mantendo o título até aos dias de hoje.

A Freguesia de Perafita foi extinta (agregada) em 2013, no âmbito da reforma administrativa nacional, para, em conjunto com as freguesias de Lavra e Santa Cruz do Bispo, formar uma nova freguesia denominada União das freguesias de Perafita, Lavra e Santa Cruz do Bispo, tendo a Lei 11-A/2013, de 28 de Janeiro conferido a Perafita o direito de ser a sede desta união de freguesias.

Mas em 14 de março de 2025, as freguesias agregadas foram repostas às suas características iniciais pela lei n.º 25-A/2025, pelo que a Freguesia de Perafita foi de novo reposta.